Nhà thờ Thánh Micae được xây từ năm 1001 tới năm 1031 dưới sự chỉ đạo của giám mục Bernward von Hildesheim (993-1022) để làm nguyện đường của tu viện Dòng Biển Đức, Công giáo Rôma. Bernward đặt tên nhà thờ theo tên tổng lãnh thiên thần Micae, thiên thần hộ mệnh trong Kitô giáo. Việc xây dựng đang dở dang thì Bernward qua đời năm 1022. Người kế nhiệm Bernward là Godehard đã hoàn tất công trình này 11 năm sau đó, tức là vào năm 1033. Sau khi làm lễ cung hiến nhà thờ, Godehard đưa di hài của Bernward vào chôn trong hầm mộ nhà thờ.

Khi thành phố Hildesheim cải sang đạo Tin Lành năm 1542, nhà thờ Thánh Micae trở thành một nhà thờ Tin Lành, tuy nhiên tu viện Dòng Biển Đức vẫn tồn tại cho tới khi thế tục hóa cùng tài sản của Giáo hội vào năm 1803. Các tu sĩ Công giáo vẫn được sử dụng nhà thờ và hầm mộ cho tới ngày đó.

Trong thế chiến thứ hai, nhà thờ Thánh Micae bị 1 trận ném bom phá hủy. Tới năm 1950, nhà thờ được xây lại và hoàn tất năm 1957. Năm 1985, nhà thờ này trở thành di sản thế giới của UNESCO, cùng với nhà thờ chính tòa Hildesheim.